Naskah kuno tulisan tangan (manuskrip) belum banyak diketahui oleh banyak orang. Padahal, melalui manuskrip kuno dapat memandu kita menapaki jalan pintas untuk menyelami sejarah, tradisi, peradaban, dan ilmu pengetahuan dari masa tampau yang belum diketahui atau terungkap. Pengetahuan ilmiah untuk membaca naskah kuno tersebut merupakan bagian studi Filologi. Philology is about reading manuscripts. Pertanyaan ilmiah terkait Naskah dan Filologi: Apa yang dimaksud dengan Naskah yang menjadi objek kajian Apa saia kandungan isinya? Apa kontribusinya bagi perkembangan peradaban dan kebudayaan Indonesia?

Buku Filologi Indonesia ini membincangkan perihal Naskah tulisan tangan (manuskrip), khususnya dari budaya masyarakat—tradisi kuno atau masa lampau—di kawasan Nusantara. Beberapa kajian atau diskusi ilmiah akan bersentuhan dengan teori dan metodologi, namun beberapa bagian lainnya lebih menekankan pada refleksi atas pengalaman empiris dalam kajian Filologi.

Karakteristik Naskah kuno Nusantara sangat dipengaruhi oleh tradisi Islam, selain juga proses inkulturasi—penyesuaian dan adaptasi terhadap tradisi masyarakat Nusantara pra-Islam. Substansi isi bahasan buku Filologi Indonesia ini juga memberikan perhatian khusus terhadap kajian Naskah—meliputi kawasan Nusantara—yang dihubungkan dengan kajian Islam(Islamic studies).

Bagian terpenting dari substansi isi literatur bidang studi Naskah dan Filologi Indonesia ini mengkhususkan pada konsep teori dan metodologi penelitian Filologi. Disajikan dalam tujuh (7) bab utama: (1) Pendahuluan; (2) Apa itu filologi? (3) Naskah: objek kajian filologi; (4) Sejarah perkembangan studi naskah dan ilmu filologi; (5) Teori, metode, dan alur penelitian filologi; (6) Kodikologi dan paleografi; serta (7) katalogisasi dan digitalisasi naskah Indonesia.